Дунайская военная флотилия 1-го формированиясформирована в июне 1940 г. в составе Черноморского флота с главной базой в Измаиле. В состав фло­тилии входили дивизионы мониторов (5 единиц), бронекатеров (22 единицы), катеров-тральщиков (7 единиц), сторо­жевых катеров (до 30 единиц), отряда глиссеров (6 единиц), отдельной авиаэс­кадрильи, отдельного зенитного артиллерийского дивизиона, 6 батарей бере­говой артиллерии, стрелковой и пуле­метной рот. С началом Великой Отечественной войны ей был придан 4-й Черноморский отряд пограничных кораблей НКВД. По предвоенным планам флотилия должна была не допустить прорыва ко­раблей противника ниже г. Рени, фор­сирования его войсками Дуная на участ­ке от Галаца до устья реки, отразить со­вместно с сухопутными войсками удары неприятеля из района Галаца на Джурджулешты.
Для решения этих задач предусмат­ривалось создание 3 групп кораблей: Ренийской, Измаильской и Килийской.
Флотилия вела боевые действия во взаимодействии с войсками Южного фронта на Дунае, Буге, Днепре, у бере­гов Керченского пролива. В сентябре 1941 г. отошла в Севастополь, а в октяб­ре перешла в Керчь.
Расформирована флотилия в ноябре 1941 г.; корабли были переданы в Азов­скую военную флотилию и Керченскую военно-морскую базу.
Командующие флотилией: контр-ад­мирал Абрамов Н. О. (июнь — сентябрь 1941 г.); капитан 1 ранга, с сентября 1941 г. — контр-адмирал Фролов А. С. (сентябрь — ноябрь 1941 г.)
Военные комиссары флотилии: бри­гадный комиссар Беленков В. К. (июль — сентябрь 1941 г.); полковой комиссар Дворяненко С. И. (сентябрь — октябрь 1941 г., врид); полковой комиссар Маслов И. В. (октябрь—ноябрь 1941 г.)
Начальник штаба флотилии — капи­тан 2 ранга Григорьев В. В. (июнь — но­ябрь 1941 г)
 
Дунайская военная флотилия 2-го формированиясформирована в апре­ле 1944 г. на основе Азовской военной флотилии. В октябре была подчинена непосредственно наркому Военно-Морского Флота. Базировалась на Одес­су, а с августа 1944 г. — на Измаил. Пер­воначально в составе флотилии были отдельная бригада речных кораблей (монитор, 14 бронекатеров, 12 мино­метных катеров, 22 катера-тральщика, 15 полуглиссеров), бригада бронекате­ров (22 бронекатера, 10 полуглиссеров, 10 катеров «ЗИС»), сектор береговой обороны (22 орудия 120-152-мм), от­дельные батальон морской пехоты, зе­нитный артиллерийский и химический дивизионы. Содействовала 46-й армии в форсировании Днестровского лима­на (21-23 августа 1944 г.), осуществила прорыв обороны противника на реке и вошла в дельту Дуная (24-28 августа 1944 г.)
Корабли флотилии прошли с боями по Дунаю свыше 2 тыс. км, высадили 20 тактических десантов, переправили до 900 тыс. человек, свыше 1,5 тыс. танков и самоходно-артиллерийских установок, 7 тыс. орудий и минометов, 450 тыс. т грузов.
За боевые заслуги флотилия награж­дена орденами Нахимова 1-й степени, Красного Знамени и Кутузова 2-й сте­пени.
Командующие флотилией: контр-­адмирал, с сентября 1944 г. — вице-ад­мирал Горшков С. Г. (апрель — декабрь 1944 г.); контр-адмирал Холостяков Г. Н. (декабрь 1944 г. —до конца войны, врио).
Член Военного совета флотилии — капитан 1 ранга Матушкин А. А. (апрель 1944 г. — до конца войны).
Начальник штаба флотилии — капи­тан 1 ранга Свердлов А. В. (апрель 1944 г. — до конца войны).